Siluri alguses tekkisid Kesk-Eestis mergli vahekihtidega muguljad mudalis-detriitsed lubjakivid, Lõuna-Eestis - merglid (suure savisisaldusega karbonaatkivim) lubjakivi mugulatega. Juuru ea (iga geoloogias - mingi kivimi tekkimise aeg) teises pooles meri madaldus ning Kesk-Eestis tekkis Hiiumaalt Alutaguseni ulatuv käsijalgse Borealis kodadest koosnev karplubjakivi hiigellasund, mille maksimaalne paksus Pandivere kõrgustikul ulatub 13 meetrini. Hiiumaal ja Ridala poolsaarel hakkasid Juuru ea lõpul tekkima puhtad teralised meriliiliate detriidist moodustunud krinoidlubjakivid (krinoid-meriliilia) korallidest ja stromatopooridest koosnevate rifimoodustistega. Nende setendite teke jätkus samas ka hiljem, mida iseloomustab mudaliste ja teraliste lubjakivide tsükliline vaheldumine Kesk-Eestis ja mudaliste lubjakivide ning merglite vaheldumine Lõuna-Eestis. Arvatavasti oli see tingitud kuivade ja niiskete kliimaperioodide vaheldumisest, mis omakorda võisid olla seotud jääaegade ja jäävaheaegade vaheldumisega lõunanaba piirkonnas paiknenud Aafrikas ning Lõuna-Ameerikas. Nimetatud asjaolu kasuks kõneleb ka äärmiselt madalaveeliste laguunidolomiitide esinemine settetsüklite lõpul, mis näitab jääaegadele iseloomulikke meretaseme kiireid ja ulatuslikke langusi. Raikküla ea lõpul toimus Lääne-Eestis erakordselt ulatuslik mere madaldumine, mille käigus kulutati ära suur osa varasematest setenditest. Seda näitab Raikküla lademe paksuste väga suur erinevus: 16 m Hiiumaal, 176 m Iklas.

Kõige sügavamaveelised tingimused kujunesid Siluri aegses Paleobalti meres välja Alam-Siluri keskel, mis on esindatud peamiselt merglitega. Kesk-Eestis esineb Adavere lademe alguses ja Jaani lademe lõpus savikaid ja detriitlubjakive, mis näitab, et mere sügavnemine ja sellele järgnev madaldumine kulgesid järk-järguliselt. Kõige sügavamaveelised tingimused seostusid vulkaanilise tuha vahekihtide esinemisega. See näitab vulkaanilise aktiivsuse suurenemist Baltika ürgmandri loodeserval, mis just sel ajal põrkas kokku Laurentia ürgmandri servaga praeguse Gröönimaa kohal.

Jaagarahu ea alguses toimus järsk mere madaldumine. Paleobalti mere põhjaserval moodustus ligi 400 km pikkune rifivöönd, mis algab Gotlandi saarelt, kulgeb edasi Läänemere põhjas, siis piki Saaremaa ja Muhu põhjarannikut ning Matsalu - Kasari madaliku lõunapiiri kuni Kaismani. Väga madalaveelised tingimused, mis vaheldusid ajutiste sügavnemistega, kestsid Eesti alal kogu Alam-Siluri lõpu.