Koobastik on uuristatud Aruküla lademe valgetesse liivakividesse. Koopa laes on pudedam punane liivakivi, mille paksus kõigub 1-1,5 m vahel. Valge suhteliselt tugevamini tsementeerunud liivakivi paksus kõigub 1-1,5 m vahel. Valge ja lasuva punase liivakivi kontaktpinnal esineb sinakashalli savika aleuriitse liivakivi läätsi paksusega kuni 0,3 m. Koobaste põhjas on valge liivakivi all õhukesekihiline tugev kompleks, kus vahelduvad sinakashall savi, valkjashall dolomiit ja hall domeriit. Valge liivakivi lamaval piiril esineb 3-7 cm paksune uhtkonglomeraadi kiht, milles esineb kalafossiilide fragmente ja suuremaid luid. Koopapõhi on kaetud laest varisenud punaka liivakivi puistega.
Koopad koosnevad 1-1,5m kõrgustest käikudest ja nende ristumiskohal olevatest paari ruutmeetri suurustest ruumidest, mis on omavahel eraldatud valgest liivakivist koosnevate ülalt laienevate sammastega, mille läbimõõt on valdavalt 1-2 m. Sama suur on enamikel juhtudel ka sammastevaheline kaugus. Sambad paigutuvad küllaltki korrapäraselt, moodustades lühemaid ridu. Koobastik koos maapinnal nähtavate langatuslehtritega paikneb ligikaudu 80 x 100 m suurusel maa-alal ja on praegu ligipääsetav 3 ava kaudu, mis viivad kolme üksteisest varingutega eraldatud osadesse. Suurimasse ossa viib 1980.a. ehitatud tsementeeritud seintega püstine ava. 1999.a. suvel sai avast põhja suunas liikuda 17 m, kusjuures kuni 11,5 m kauguseni oli koobastiku kõrgus 1,5 m, seejärel oli 5,5 m ulatuses 1-0,8 m, madaldudes edasi sedavõrd, et edasiliikumine osutus võimatuks. Luugist läände ulatus koobas 8 m, itta ainult 4 m. Tsementavast 7,5 m läänes oli koopalaes maapinnale ulatuv auk, mis avanes ühes langatuslehtris.
Peakoopasse viivast tsementluugist 20-30 m edelasse on üksteise kõrval kaarjate korralike puitväravatega suletud sissekäigud, mis viivad 10-15 m pikkustesse koopaosadesse. Puitväravad on ehitatud Meelis Pai poolt ja nad on tema poolt ka lukustatud.
Koobastiku suurus on sisselangemise ja varingute tulemusel pidevalt vähenenud. 19.sajandi esimesel poolel, kust pärinevad esimesed kirjalikud andmed Aruküla koobaste kohta, oli tegemist suure koobastikuga, mille ulatus nii põhja-lõuna kui ka ida-lääne suunas ületas 60 m. Osa koobastikku asus sel ajal kuni 5 m sügavusel. Kõrgus kõikus 1-1,8 m vahel. 20.sajandil mõõdetud andmed annavad koopa põhja sügavuseks kõikide uurijate andmete kohaselt ligikaudu 3 m, kusjuures kõrgus kõigub tänapäevasega sarnaselt 1-1,5 m vahel. Suurima ühest avast ligipääsetava koobastiku pindala, mis 1921.a oli 500 m² , vähenes 1981.aastaks 310 m² -ni. ja 1999. aastaks ligikaudu 200 m² -ni. Koobastikuga hõlmatud maa-ala on hinnatud aegade jooksul väga erinevalt. On avaldatud arvamust, et see võib hõlmata isegi 10 ha suuruse ala. Valdavates trükistes piirdutakse maatükiga 300x400 m. Tänapäeva andmete kohaselt on see ülehinnatud ning koopaid hõlmav ala on praegu kõigest 80x100 m suurune. On tõenäoline, et koopad levisid kunagi laiemal territooriumil, eriti praegusest levilast surnuaedade poole, kuid see ala on käesoleval ajal uusehitustega kaetud ning võimalikud koopatühemikud hävinud.
Koobaste olemasolu oli kohalike elanike hulgas teada iidsetest aegadest. Aeg-ajalt kukkus koobaste käikudesse sisse mõni loom. Uute õnnetuste vältimiseks aeti seejärel tekkinud augud kohe kinni. Selline tegevus soodustas käikude kinnivarisemist. Rahva hulgas liikus jutte, et koobastest viisid käigud Toomemäele ja Kärkna kloostrisse.
Aruküla koopad sattusid esmakordselt üldsuse huviorbiiti 19.sajandi kolmekümnendatel aastatel, mil sealt TÜ professori H. Asmusse poolt leiti devoniaegsete rüükalade luid. H. Asmuss kaevas koobastes tervelt 25 aastat (1834-59), jõudes seejuures oma kollektsiooni vaid osaliselt teaduslikult kirjeldada. Oma kõige olulisema Aruküla koobaste leide käsitleva töö hävitas ta kahetsusväärsel kombel ise, lugedes end solvatuks kolleegide teguviisist. Trükisõnasse jõudsid koopad koos detailiseloomustusega esmakordselt Tartu Ülikooli ajalooprofessor F. Kruse vahendusel 1844.a., kes arvas, et koopad on kaevatud valge liiva hankimiseks ja müümiseks. Seejuures saadavat liiva võidi kasutada nii põrandate küürimiseks kui ka ehitustöödel. Seda arvamust asus trükisõnas koheselt kritiseerima F.R.Kreutzwald, kes oli kindlal seisukohal, et need on rajatud pelgupaigaks vaenlaste vastu ja hiljem olnud kasutusel laoruumidena. Otseseid tõendeid pole kummagi seisukoha toetuseks. Koobastest pole leitud kultuurkihti ning valge liiva müümise faktid põrandate küürimiseks pärinevad ajast, kui koopad olid juba olemas. Koobaste tekke probleem on tänaseni lahendamata. On avaldatud ka arvamusi, et koopad on olnud esialgu loodusliku tekkega, kuid hiljem inimkäte poolt laiendatud. Praeguse ja ka 170 aastat tagasi eksisteerinud veerežiimi järgi seda küll pole alust arvata. On muidugi üsna tõenäoline, et esialgsed käigud uuristati piki liivakivides esinevaid lõhesid ning mööda mõningaid lõhesuundi võis toimuda ka allikavete teatav uuristav tegevus. Praegune koobaste ehitus räägib selget keelt nende kujunemisest inimkäte tegevuse tulemusena. Küll on aga seniajani lahendamata kaevamise eesmärk. Samuti on tänapäevani teadmata ka koobaste vanus.
Uuesti sattusid Aruküla koopad suurema tähelepanu alla alles alates 20.sajandi 20-ndatest aastatest, kui G.Vilbaste (Vilbergi) juhtimisel kaardistati sellel alal 6 eraldiolevat koobastikku. Eriti pingsa ühiskondliku tähelepanu pälvisid Aruküla koopad 1998.a., kui Meelis Pai kasutas enda poolt piiratud ja puhastatud koopaid siin jõulu ajal lastele organiseeritud Päkapikumaa elementidena. Sellise antud objekti kasutamise poolt- ja vastuargumente esitasid ajakirjanduses mitme kuu vältel tuntud loodusteadlased M. Masing, U.Tartes. I. Puura jt.

Loe lisaks siit!