Eestis tehakse joogivett pinnaveest vaid Tallinnas (Ülemiste järv) ja Narvas (Narva jõgi). Mujal saadakse seda põhjaveest.Protsentuaalne jagunemine on 15% ja 85%.

Pinnavee puhastamine on tehnoloogiliselt keeruline. Niisugusesse vette ei tohi doseerida kloori, nagu on seda Tallinnas alates 1927.aastast tehtud. Tol ajal ei teatud, et sel viisil tekivad vette organismi kahjustavad kantserogeensed (vähkitekitavad) ühendid. Sellele jõuti jälile alles seitsmekümnendate teisel poolel Rootsis ja Ameerikas. Tallinnas sai see probleem likvideeritud 1997.aasta novembris osooni kasutuselevõtuga.

Põhjavesi on Eestis piirkonniti väga erinevate omadustega. Näiteks Lääne-Eestis sisaldab põhjavesi lubatust rohkem fluoriide (kuni 6 mg/l), nende toimel inimese hambad pruunistuvad. Tartust lõuna pool sisaldab põhjavesi üsna palju rauda, mangaani ja kohati väävelvesinikku. Rakvere kandis on leitud põhjaveest liigselt boori ja baariumit. Mõnes paigas esineb ülemäära mineraalsooli, kloriide ja sulfaate. Põhjavesi Eestis, ka Ülemiste järve vesi, on üldiselt kare. Seda põhjustab lubjakivi.

Eesti veed on tavaliselt happelised. Väidetakse, et aluseline vesi, mille pH on üle 7, on organismile parem, see aeglustavat rakkude vananemist. Teatud soovituste kohaselt võiks see olla 8-9 (näiteks Ülemistes on pH 7,2-7,3). Rakud omastavad seda paremini. Kui pH on juba 9, tekib veele seebi maitse.

Eesti põhjarannikul on kohati probleemiks vee radioaktiivsus. Tehnoloogiad radionukliidide eraldamiseks põhjaveest on maailmas siiski olemas. Sealhulgas ka Eestis välja töötatud suhteliselt lihtne ja odav firma OÜ Water Technology Partners poolt patenteeritud tehnoloogia.